คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา เปิดสอนหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา ดังต่อไปนี้
หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต
หลักสูตรวิศวกรรมศาสตรมหาบัณฑิต